Die Organe der Stiftung und die Art der Verwaltung werden gemäss Art. 83 ZGB durch die Stiftungsurkunde festgestellt. Die zwingend vorgeschriebenen Organe einer Stiftung sind das oberste Organ, üblicherweise «Stiftungsrat» genannt, sowie die Revisionsstelle. Die Aufsichtsbehörde kann eine Stiftung von der Pflicht befreien, eine Revisionsstelle zu bezeichnen.
Die Konstituierung und Zusammensetzung des Stiftungsrats sowie die Art der Verwaltung werden in der Stiftungsurkunde festgelegt.
Der Stiftungsrat als oberstes Organ führt die Geschäfte der Stiftung, vertritt die Stiftung nach aussen und verwaltet das Vermögen der Stiftung. Zudem verfügt der Stiftungsrat über sogenannte nicht entziehbare bzw. nicht delegierbare Aufgaben, welche in einer Stiftungsurkunde abgebildet werden müssen. Das Zivilgesetzbuch sieht folgende Aufgaben des Stiftungsrats vor:
- Führen der Geschäftsbücher (Art. 83a ZGB)
- Wahl der Revisionsstelle (Art. 83b ZGB)
- Benachrichtigung der Aufsichtsbehörde bei Zahlungsunfähigkeit oder Überschuldung (Art. 84a ZGB)
- Offenlegung der Vergütungen gegenüber der Aufsicht (Art. 84b ZGB)
- Antrag an die Aufsicht für eine allfällige Änderung der Organisation oder des Stiftungszwecks (Art. 85 ff. ZGB)